Elektroforez tizimi ikkita asosiy komponentdan iborat: quvvat manbai va elektroforez kamerasi. Elektr ta'minoti quvvat manbai. Bu holatda "kuch" elektrdir. Elektr ta'minotidan keladigan elektr energiyasi elektroforez kamerasining bir chetidan ikkinchisiga bir yo'nalishda oqadi. Kameraning katod va anodi qarama-qarshi zaryadlangan zarralarni o'ziga tortadi.
Elektroforez kamerasining ichida laganda - aniqrog'i, quyma laganda. Quyma patnis quyidagi qismlardan iborat: quyma taglikning pastki qismiga kiradigan shisha plastinka. Jel quyma patnisda saqlanadi. "Taroq" o'z nomiga o'xshaydi.Taroq quyma patnisning yon tomonidagi tirqishlarga joylashtiriladi.U issiq, eritilgan jelni quyishdan oldin uyalarga qo'yiladi. Jel qotib qolgandan so'ng, taroq chiqariladi. Taroqning "tishlari" jelda biz "quduqlar" deb ataydigan kichik teshiklarni qoldiradi. Quduqlar issiq, eritilgan jel taroqning tishlari atrofida qotib qolganda amalga oshiriladi. Jel soviganidan keyin taroq chiqariladi, quduqlar qoladi. Quduqlar siz sinab ko'rmoqchi bo'lgan zarralarni joylashtirish uchun joy beradi. Biror kishi zarrachalarni yuklashda jelni buzmaslik uchun juda ehtiyot bo'lishi kerak. Jelning yorilishi yoki sinishi natijalaringizga ta'sir qilishi mumkin.